Учебное заведение создано в 2001 году по благословению архиепископа Оренбургского и Бузулукского Валентина. На тот момент в гимназии было всего два класса, в которых обучалось 18 детей. За более чем 20 лет своей активной деятельности православная гимназия имени святого Иоанна Кронштадтского значительно выросла. На сегодняшний день в 1-11 классах учебного заведения обучается свыше 350 учащихся.
Характерной особенностью гимназии является курс, нацеленный на развитие творческих способностей учеников. Для этого в учебном заведении функционирует филиал музыкальной школы, где все дети получают классическое музыкальное образование, работают различные кружки и секции, введена система творческих экзаменов. Гимназией издаётся собственное периодическое издание – журнал «Светлячок», где регулярно публикуются лучшие работы учащихся. На Рождество и Пасху учащиеся оренбургской гимназии готовят праздничные программы, которые показывают на больших сценических площадках города для приглашенных детей из воскресных школ города, общеобразовательных школ, школ-интернатов.
Руководством гимназии разработан и внедрён особый учебно-методический комплекс, который включает преподавание духовных дисциплин, таких как Закон Божий, православная культура, церковнославянский язык, ИЗО с основами иконографии. Наряду с изучением этих дисциплин, дети получают полноценное среднее образование в соответствии с общегосударственными стандартами.
«…С одной стороны, защищать нежные души детей от тлетворного влияния мира, с другой – через гимназию, как через малую Церковь, освещать детей светом Евангельским и научить делиться этим светом с другими», — формулирует миссию гимназии святого Иоанна Кронштадтского её ректор протоиерей Георгий Горлов.
Вот уже более двух десятилетий работающие в гимназии учителя-подвижники наставляют на путь истинный светлые детские души, не давая разложить их социальному дарвинизму и прочим низменным стереотипам поведения. Они не просто сеют разумное, доброе и вечное, но и протягивают своим воспитанникам прочные путеводные нити, способные собрать воедино всё бытие человека.