История Иоанно-Предтеченского мужского монастыря в Астрахани насчитывает более трёх веков. Первое упоминание об обители относится к 1688 году, когда его строитель старец Александр и братия обратились к митрополиту Савватию с просьбой разрешить им построить каменную церковь в честь Святого Пророка и Предтечи Господня Иоанна вне Белого города, на Ивановской улице, за рекой Кутум.
Владыка не только благословил начинание, но и выделил на строительство храма личные средства. Однако из-за разразившейся в 1692 году эпидемии чумы, унёсшей жизни почти всей монастырской братии, включая старца Александра, возведение храма затянулось. Освящён он был только в 1697 году.
Вместе с храмом была построена двухъярусная монастырская колокольня над святыми вратами при западном входе в обитель. Всё пространство монастыря, имеющее форму квадрата, было обнесено изначально деревянными стенами, а по всем четырём углам были установлены небольшие башенки. Рядом с храмом также были возведены настоятельские и братские кельи.
Буквально через несколько лет, в 1706 году, Иоанно-Предтеченский монастырь оказался в центре стрелецкого мятежа. На территории обители закрепились правительственные войска во главе с фельдмаршалом Борисом Шереметевым. Они отбили несколько штурмов, предпринятых мятежниками.
Несмотря на оказанную царским войскам услугу, монастырь вскоре был закрыт и упразднён. Произошло это в 1723 году вследствие произвола со стороны астраханского губернатора Артемия Волынского, оказывавшего покровительство католикам-капуцинам и враждовавшего с епископом Иоакимом. На время в монастырских стенах разместился гарнизонный лазарет. Однако уже в 1727 году после настойчивых требований астраханского епископа Варлаама (Леницкого) монастырь был возвращён епархии.
В 1737 году при архимандрите Аркадии в первом ярусе монастырской колокольни был устроен храм в честь Святого Мученика Иоанна Воина.
В 1756 году при архимандрите Аароне стараниями надворного советника Фёдора Львовича Черкесова в монастыре была построена малая каменная церковь в честь иконы Божией Матери «Всех Скорбящих Радосте».
Во второй половине XIX века монастырь активно перестраивается. На смену деревянным постройкам приходят каменные. В 1884 году при Иоанно-Предтеченском монастыре была устроена церковно-приходская школа. В 1895 году вследствие сильного обветшания были разобраны Сретенский и Рождество-Иоанно-Предтеченский храмы, а на их месте заложен новый трёхпрестольный храм в честь Сретения Господня, который был освящён в 1899 году епископом Астраханским Сергием (Серафимовым).
По состоянию на начало XX века, в обители, помимо игумена, подвизались 8 монахов и 15 послушников.
Новые испытания выпали на долю монастыря после революционных потрясений 1917 года. В 1919 году Иоанно-Предтеченский монастырь был закрыт, однако храмы продолжали действовать до 1929 года. В 1930-е годы закрытые Иоанно-Предтеченский монастырский собор и колокольня с церковью Иоанна Воина были снесены. Третий из монастырских храмов в честь Сретения Господня долгие годы использовался как складское помещение реализационной базы «Заготзерно». Лишь в 1989 году Сретенский храм был возвращён Русской Православной Церкви и освящён в честь Усекновения Главы Святого Пророка Иоанна Предтечи. В нём были восстановлены роспись и иконостас. Сейчас он выполняет роль соборной монастырской церкви.
22 февраля 1995 года Священный Синод Русской Православной Церкви принял решение о возрождении монашеской жизни в Иоанно-Предтеченском мужском монастыре, после чего началось поэтапное восстановление обители. Особенно интенсивным оно стало в начале 2000-х, когда наместником Иоанно-Предтеченского монастыря стал иеромонах Пётр (Барбашов). В 2001 году началось строительство бани и двухэтажного братского корпуса в восточной части обители. На первом этаже расположились трапезная, лекционный зал, столярная мастерская и гараж, а на втором — кельи.
В 2002 году в связи с пастырским визитом в Астрахань Святейшего Патриарха Алексия II монастырю были переданы двухэтажный игуменский и одноэтажный братские корпуса, где стараниями иеромонаха Петра и братии монастыря был произведён капитальный ремонт. В игуменском корпусе разместились воскресная школа, хоровой класс, ризная и библиотека.
Большое внимание наместник Пётр уделил украшению храма. В частности, были установлены новые резные иконостасы, построен подвесной клирос, значительно увеличивший свободное пространство в храме. В декабре 2006 года над храмом засияли золотые купола, ставшие украшением не только монастыря, но и всей Астрахани.
В 2005 году братией было основано монастырское подворье-скит близ села Комаровка Камызякского района, на котором ведётся основная часть монастырского хозяйства.
Иоанно-Предтеченский монастырь всегда открыт для общения с людьми. Иеромонахи обители ведут еженедельные миссионерские беседы по изучению и толкованию Нового Завета, встречаются с молодёжью. При монастыре действует воскресная школа, в которой обучается около 200 детей, имеется хоровая студия. Братский хор монастыря «Скимен», образованный в 2004 году, специализируется на исполнении древнерусских распевов. Творческий коллектив стал лауреатом Всероссийского конкурса хорового пения и даже выпустил свой диск. Детский хор мальчиков «Воскресение» неоднократно становился победителем различных городских конкурсов.
Братия обители также занимается благотворительностью, оказывая помощь Астраханской областной инфекционной больнице, где лежат брошенные дети. Также монастырь помогает попавшим в трудную ситуацию матерям одиночкам. С началом СВО осуществляется сбор гуманитарной помощи для пострадавших мирных жителей и беженцев из зоны боевых действий.
Монастырь постепенно возвращает своё былое значение в жизни города. Все больше людей, в том числе молодёжь и молодые семьи, приходят в храм на службу, оказывают бескорыстную помощь монастырю в решении его насущных проблем.
